Nach wie vor gibt es keine Testmethode, mit der das Vorliegen einer Borreliose mit Sicherheit nachgewiesen werden kann. Es kommt also in den Zweifelsfällen darauf an, andere Ursachen der Symptome auszuschließen. Antikörper gegen Borrelien erlauben keine Aussage über den jeweiligen Stand einer Infektion. Ein positiver LTT-Test (Lymphozyten-Transformation-Test) gibt recht zuverlässig Auskunft über den Schweregrad einer Infektion und den Erfolg einer Behandlung. Leider gibt es Personen mit massivem Borrelienbefall, bei denen keine Lymphozyten aktiv sind. Hier kann eine Dunkelfeldmikroskopie von Vitalblut Hinweise geben. Untersuchungen haben gezeigt, dass Borrelien im Blut damit nachgewiesen und der Befall quantitativ abgeschätzt werden kann.
Beweisend für eine Infektion mit Borrelien ist aber stets das Auftreten einer Wanderröte nach einem Stich. In diesem Fall sollte möglichst schnell ein mit Borreliose vertrauter Arzt aufgesucht werden, um sofort eine ausreichend dosierte Behandlung mit Antibiotika einzuleiten. Leider ist sich hier die medizinische Welt nicht einig. Die meisten auf Borreliose spezialisierten Ärzte halten eine längere und stärker dosierte Behandlung für notwendig als in den deutschen Leitlinien vorgesehen ist.
Eine Immunisierung nach einem Stich findet leider nicht statt. Mit jedem neuen Stich kann also auch wieder eine Infektion ausgelöst werden.
Eine Wanderröte muss auch nicht zwingend bei jeder Infektion auftreten oder kann auch nur ganz schwach ausgeprägt sein. Manchmal wird sie auch am Rücken, am Kopf oder im Intimbereich schlicht übersehen. In diesem Fall werden die meisten Betroffenen im Laufe der folgenden Jahre mit einer chronischen Entwicklung der Erkrankung rechnen müssen.
Bei der Behandlung einer chronischen Borreliose muss der Patient derzeit selbst hohe Verantwortung und in der Regel auch die Kosten übernehmen. Die Ärzteschaft ist sich nicht einig, ob eine chronische persistierende Borreliose überhaupt existiert und es sich nicht nur um eine Narbe oder bleibenden Schaden einer früheren Infektion handelt. In diesem Fall müsste man nicht die Borreliose behandeln, sondern nur die jeweiligen Symptome. In nicht wenigen Fällen wird letztlich dann auch ein Psychiater notwendig, um mit den Beschwerden und dem resultierenden sozialen Abstieg besser umgehen zu können. Dieser Leidensweg wird von den Kassen finanziell getragen, während eine ursächliche Behandlung der Borreliose in aller Regel selbst finanziert werden muss.
Jeder Betroffene muss daher zunächst entscheiden, welcher Meinungsfraktion unter den Heilkundlern er sich anschließen will. Hält er anhand von Beispielen aus seinem Bekanntenkreis oder durch Mundpropaganda eine persistierende Borreliose für plausibel, muss er geeignete Ärzte und Heilpraktiker finden, die ihn auf diesem Weg begleiten. Mit den derzeit zugelassenen Medikamenten erfordert eine chronifizierte Borreliose eine Behandlungszeit über viele Monate. Wegen der dabei möglichen vorübergehenden Verschlechterung mancher Symptome und der grundsätzlichen Verwechslungsgefahr mit anderen Erkrankungen ist eine Betreuung durch einen erfahrenen Arzt oder/ und Heilpraktiker in dieser Zeit sehr angeraten. In den meisten Fällen ist zumindest eine erhebliche Besserung der Beschwerden zu erwarten.
Konventionell wird die Borreliose als Bakterieninfektion mit Antibiotika in Kombination mit weiteren Medikamenten behandelt, um auch die bereits in körpereigenen Zellen versteckten Erreger zu erfassen.
In der Naturheilkunde stehen Kardenwurzel und Artemisia zur Verfügung. Manche Heilpraktiker empfehlen eine Nosodentherapie oder auch die klassische Homöopathie.
Seit 2019 wird mit gutem Erfolg Disulfiram (Handelsname Antabus) als alleiniges Medikament eingesetzt. Es ist kein Antibiotikum und wirkt sowohl gegen Borrelien im Blut als auch gegen versteckte Blisterformen in Zellen, die von Antibiotika nicht erreicht werden können. Die bisherigen Erfahrungen zeigen eine schnelle und anhaltende Wirkung, wie sie mit den bisher üblichen Kombinationstherapien nicht möglich war.
Disulfiram ist ein altes und gut untersuchtes Medikament, das früher zur Alkoholentwöhnung eingesetzt wurde und nur geringe Nebenwirkungen zeigt. Bei Patienten mit Borreliose kann es am Anfang zu Herxheimerreaktionen kommen, so dass es nur unter fachkundiger Anleitung nach einem personalisierten Protokoll eingenommen werden sollte.